Martin Luther est un moine qui devient professeur de théologie à l'université de Wittenberg, en Saxe. Très pieux et scrupuleux il s'interroge sur le Salut de l'âme et établit une doctrine, vers 1513, basée sur la grâce de Dieu et la foi (le Salut par la foi). A cette époque, de nombreux chrétiens critiquent l'Église catholique, ses curés sans morale, ses évêques qui ne pensent qu'à s'enrichir, ses papes qui vivent comme des rois. C'est dans ce contexte tendu que le Pape Léon X décide de vendre des indulgences, qui assurent le paradis à ceux qui les achètent, pour financer la construction de la basilique Saint-Pierre à Rome. C'est le scandale. Luther dénonce alors fermement le commerce des indulgences et les méthodes du pape Léon X, en 1517, dans un long texte, les Quatre-vingt-quinze thèses, qu'il publie. Pendant trois ans, la controverse entre Luther et le Pape s'envenime et peu à peu, Luther repousse certaines doctrines fondamentales du catholicisme, dans les pamphlets qu'il publie entre 1518 et 1520. Finalement le Pape Léon X excommunie Luther en 1520. L'année suivante, en 1521, l'empereur Charles Quint met Luther au ban de l'Empire (c'est-à-dire hors la loi). Mais de nombreux princes allemands prennent le parti de Luther et l'électeur de Saxe le place sous sa protection et le cache. Luther profite de sa retraite pour traduire en allemand le Nouveau Testament. Les princes allemands se convertissent au luthéranisme et confisquent les biens du clergé. Les doctrines de Luther se propagent rapidement non seulement en Allemagne, mais aussi au Danemark, en Suède, en France.
Il précise alors sa doctrine et publie la Confession de foi d'Augsbourg :
- Seule la Bible a autorité en matière de foi.
- Il rejette donc l'autorité du pape et de la tradition.
- Il renonce au culte de la Vierge et des saints.
- Il renonce au célibat des prêtres et aux ordres monastiques.
- La messe est dite dans la langue nationale au lieu du latin.
- Seuls deux sacrements sont conservés sur les sept : le baptême et la communion.
Luther meurt en 1546, mais le luthéranisme continue de se développer.
Après de nombreuses péripéties, Charles Quint est obligé d'accepter la coexistence du luthéranisme et du catholicisme en Allemagne par la paix d'Augsbourg en 1555. La liberté religieuse est accordée aux gouvernements.